La mission de Niepoort consiste à maintenir sa position de « niche player » en continuant de produire des vins de Porto et des vins du Douro différenciés grâce à l’alliance de la tradition séculaire et de l’innovation. La maison Niepoort est répartie en différents endroits : son siège et ses caves se trouvent à Vila Nova de Gaia et ses domaines viticoles et centres de vinification dans la région du Douro. À Vila Nova de Gaia sont concentrés tous les services transversaux de l’entreprise, notamment l’administration, la direction et la communication. C’est ici que Dirk Niepoort apporte idées pionnières et nouveaux plans lorsqu’il revient de ses nombreux voyages d’affaires et dégustations de vins. Au sein de l'entreprise depuis 1972, Elisabete Oliveira a travaillé avec trois générations Niepoort (Edu, Rolf et Dirk). Elle s’occupe des affaires courantes quotidiennes aux côtés de Nininha, Alexandra et Victor. Le mois d’octobre 2005 apporte des changements importants : José Teles intègre l’équipe en tant que directeur général et Verena Niepoort en tant qu’associée-gérante. En juin 2009, l’entrée de Carvalho Ferreira au sein du département commercial marque le début d’une nouvelle phase pour Niepoort, assurant la distribution de ses vins sur le territoire national. En novembre, avec l’arrivée de Susana Ferraz, Niepoort devient le représentant des barriques François Frères au Portugal.

Au siège sont concentrés tous les services transversaux de l’entreprise, notamment l’administration, la direction et la communication. C’est ici que Dirk Niepoort apporte idées pionnières et nouveaux plans lorsqu’il revient de ses nombreux voyages d’affaires et dégustations de vins. Au sein de l'entreprise depuis 1973, Elisabete Oliveira a travaillé avec trois générations Niepoort (Edu, Rolf et Dirk). Elle s’occupe des affaires courantes quotidiennes aux côtés de Nininha et Filipe. Le mois d’octobre 2005 apporte des changements importants : José Teles intègre l’équipe en tant que directeur général et Verena Niepoort en tant qu’associée-gérante. L’expérience de José Teles (dans le secteur du vin de Porto depuis 1988) et celle de Verena Niepoort (en matière de technologies de l’information et de gestion de projet depuis 1991) se complètent dans la mise en valeur de la structure et des procédés, en assurant un bon travail d'équipe et en maintenant la flexibilité nécessaire et un équilibre sain entre les traditions séculaires et l'innovation. Dans les caves de Vila Nova de Gaia (Rua de Serpa Pinto) sont réalisés le stockage, l’assemblage, le vieillissement, la mise en bouteille, l’étiquetage et l’expédition du vin de Porto. C’est dans cet espace magique entouré de nombreuses autres caves de portos que reposent les vieux vins Niepoort dans de très anciennes barriques, pipas, dames-jeannes, bouteilles…. Environ 15 personnes travaillent dans les caves Niepoort ; le maître assembleur José Nogueira a commencé à accompagner son père (dont il a hérité le prénom) à 14 ans. Les membres de la famille Nogueira sont maîtres assembleurs et bons compagnons de la famille Niepoort depuis la fondation de la compagnie en 1842. En 2003, s’est joint à l’équipe Nicholas Delaforce, exerçant ses fonctions aussi bien dans les caves que comme coordinateur des vendanges et de la vinification des vins de Porto dans le Douro : les vins sont vinifiés à partir de raisins qui non seulement proviennent des vignes personnelles de Quintas de Nápoles, Carril et Pisca, mais qui sont également fournis par les nombreux exploitants indépendants travaillant avec la maison Niepoort depuis de nombreuses années. Nicholas Delaforce vient d’une famille traditionnelle du porto et l’expérience qu’il a acquise dans le commerce de ce vin depuis 1992 s’est révélée d’une grande importance dans le cadre de l’investissement réalisé pour l'implantation d'un centre de vinification exclusivement dédié au vin de Porto : la cave située au Musée des Lagares [grands pressoirs en granit], à Vale Mendiz.

Achetée par Niepoort en 1987, la QUINTA DE NÁPOLES dispose d’environ 30 hectares de vignobles ; les vignes se trouvent à une altitude de 180 à 250 m et leur âge varie entre 18 et plus de 70 ans. Située sur la rive gauche du Têdo, la Quinta de Nápoles est l’endroit où Niepoort produit les vins rouges, blancs et rosés. Maria José et Manuel vivent sur le domaine depuis 1987 ; Maria José est la cuisinière : elle cuisine aussi bien pour l’équipe que pour les nombreux visiteurs. Les vignes, les vins et toutes les activités de Niepoort dans le Douro sont entre les mains de Luís Seabra, assisté de Maria Gil au laboratoire, d’António Fonseca à la cave et de Gabriela Santos au bureau. Achetée par Niepoort en 1988, la QUINTA DE CARRIL, située à côté de la Quinta de Nápoles, apporte 9 hectares supplémentaires de vignobles au secteur de la production. Ses vieilles vignes produisent les raisins à partir desquels est vinifié le Batuta…L’ancien musée de Vale Mendiz, acquis par Niepoort en 2003, a été converti en centre de vinification exclusivement consacré aux vins de Porto de Niepoort. La séparation en deux centres de vinification est intentionnelle car elle permet de réaliser des processus exclusivement consacrés à la fabrication des vins de Porto ou à celle des vins du Douro et de les optimiser.